Gəmiqaya ilk insan məskənlərindən biridir və Zəngəzur silsiləsinin su ayrıcında yerləşir. Hündürlüyü 3725 metrdir. Gəmiqayanın adı Nuh əfsanəsi ilə bağlıdır. Burada e.ə 3-1-ci minilliklərə aid qayaüstü rəsmlər - piktoqramlar (qədim yazılar) var.
Arxeoloqlar burada qayaüstü rəsmlərin həkk olunduğu ərazidə qədim Azərbaycan (Naxçıvan) tayfalarının yurd yerlərinin qalıqlarını aşkara çıxarılmış, müəyyənləşdirilmişlər ki, Alp çəmənlikləri ilə zəngin olan Gəmiqaya-Qaranquş yaylağı Naxçıvanın qədim sakinlərinin əsas ov məskənlərindən biri olub.
Nuhun gəmisi Gilançayın yuxarı axarındakı Gəmiqayada lövbər salmışdır. Rəvayətə görə, gəminin qalıqları indi də buradakı “Ayı çuxuru” deyilən yerdə qalmaqdadır. Digər rəvayətə görə isə, Nuhun qəbri Naxçıvandadır. Naxçıvanda “Nuhdaban” adlı qədim kəndin xarabalığı, Nəhəcir (güman ki, qədim adı Nuhəcir) dağı və kəndi var. XVI əsr ərəb coğrafiyaşünası Əl-Əşrəfi də Nuhun gəmisinin və qəbrinin Naxçıvanda olduğunu qeyd edir. Bundan belə bir qənaətə gəlmək olar ki, əfsanə qədim Naxçıvanla və ona yaxın ərazi ilə bağlı yaranmışdır. Bəhruz Kəngərli yağlı boya ilə “Nuhun qəbri” rəsmini çəkmişdir.
Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin 2006-cı il 5 may tarixli Sərəncamı əsasında “Gəmiqaya” Tarix - Bədii Qoruğu yaradılmışdır. Burada muzey fəaliyyət göstərir.