Naxçıvanda muzey işinin özünəməxsus inkişaf tarixi vardır. XIX əsrin sonlarında böyük yazıçı-dramaturq Cəlil Məmmədquluzadə Nehrəm kənd məktəbində muzey yaratmaq təşəbbüsü ilə Xalq Məktəbləri İdarəsinə yazılı müraciət etmiş və Azərbaycanda ilk dəfə olaraq bu kənd məktəbində Naxçıvanın tarixinə dair maddi-mədəniyyət nümunələrinin toplandığı muzey yaratmışdır. 1924-cü ildə Naxçıvanda Tarix-Etnoqrafiya Muzeyi təşkil edilmiş, 1926-cı ildə isə Naxçıvan şəhər sakini Balabəy Əlibəyovun yaratdığı şəxsi muzey dövlət muzeyi kimi fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. 1925-ci ildə Azərbaycan üzrə yaradılan cəmiyyətin bir şöbəsi kimi fəaliyyət göstərməyə başlayan “Naxçıvanı Tədqiq və Tətəbbö” Cəmiyyətinin də muzeyin zənginləşməsində xidmətləri olmuşdur.